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Uma linhagem do vírus Sars-CoV-2 que vem se espalhando pelo mundo foi detectada no Brasil. A linhagem, chamada de XEC, que pertence à variante Omicron, foi identificada no Rio de Janeiro, em São Paulo e em Santa Catarina. O primeiro achado foi realizado pelo Instituto Oswaldo Cruz (IOC/Fiocruz) em amostras referentes a dois pacientes residentes na capital fluminense, diagnosticados com covid-19 em setembro. A identificação foi realizada pelo Laboratório de Vírus Respiratórios, Exantemáticos, Enterovírus e Emergências Virais do IOC, que atua como referência para Sars-CoV-2 junto ao Ministério da Saúde e à Organização Mundial da Saúde (OMS). O Ministério da Saúde e as secretarias Estadual e Municipal de Saúde do Rio de Janeiro foram rapidamente informados sobre o achado. As sequências genéticas decodificadas foram depositadas na plataforma online Gisaid nos dias 26 de setembro e 7 de outubro. Depois das sequências do Rio de Janeiro, também foram depositados, por outros grupos de pesquisadores, genomas da linhagem XEC decodificados em São Paulo, a partir de amostras coletadas em agosto, e em Santa Catarina, de duas amostras coletadas em setembro.
Mais uma cepa foi sequenciada e identificada pelo Laboratório Central de Saúde Pública da Bahia (Lacen-Ba).Trata-se da linhagem peruana C.14, que foi introduzida no estado a partir de um viajante que aportou em Salvador de navio, em fevereiro. Desde que começou a realizar o sequenciamento genético do vírus Sars Cov 2, responsável pela infecção pandêmica que já fez mais de onze mil vítimas fatais na Bahia, o Lacen-Ba já identificou 13 diferentes linhagens do vírus em cerca de 1 ano, provavelmente vinculadas a múltiplos eventos de importações ocorridas simultaneamente e que justificam o alto número de infecções registradas no estado. Os estudos indicam que o número de linhagens circulantes mudou com o tempo desde a identificação da linhagem B.1.1.162, a primeira confirmada por testes de sequenciamento genético em fevereiro de 2020, marcando a introdução primária de casos importados da Europa. Em janeiro 2021 foram também detectadas no estado as novas variantes do SARS-CoV2 recentemente identificadas no Brasil, sendo elas a variante P.1 e P.2 isoladas pela primeira vez no Norte e no Sudeste do país.